La existencia de la Fundación Víctor Jara se sustenta en dos grandes pilares: la vigencia del mensaje y profundo compromiso social que la obra de Víctor Jara representa para diversas generaciones a lo largo de Chile y el mundo, miles de personas se conmueven con sus canciones. Por otra parte, la dedicación y el trabajo infatigable que Joan Jara realizó por 50 años para mantener viva la memoria y obra del cantautor, apoyando a jóvenes artistas, promoviendo la creación en diferentes campos artísticos y culturales, fomentando el trabajo comunitario y exigiendo justicia para miles de chilenos y chilenas víctimas de violaciones a los derechos humanos.  

La Fundación Víctor Jara es una organización sin fines de lucro que surge en 1993 por iniciativa de Joan Jara y sus hijas Manuela y Amanda, con el objetivo de preservar y proyectar la vida y obra de Víctor Jara, tanto en sus valores humanos como en lo relativo a su aporte al patrimonio artístico y cultural de Chile. Aportando a la creación de un movimiento cultural cuyos valores no están en la competencia ni en el lucro sino en las expresiones populares de nuestro pueblo, en el respeto y defensa de los derechos humanos y la valoración de nuestra historia y memoria

Desde sus inicios hasta el año 2014 la Fundación mantuvo su sede en calle Huérfanos, frente a la Plaza Brasil, generando un lazo con la comunidad y el barrio que la albergaba.  Esta vinculación territorial y comunitaria permitió apoyar actividades organizadas por vecinos y vecinas, facilitando dependencias, como por ejemplo la campaña solidaria en ayuda de las personas afectadas por el terremoto de 2010, donde el Galpón Víctor Jara fue el centro de operaciones. 

El desarrollo continuo de estas actividades se vió alterado a partir del año 2012, debido a que diversas normativas municipales obligaron a suspender las actividades masivas desarrolladas en el Galpón Víctor Jara y por añadidura, imposibilitaron el normal funcionamiento de las oficinas de la Fundación. El cierre definitivo del Galpón Víctor Jara en 2013 fue un momento de inflexión en la trayectoria de la organización, generando una revisión de los aprendizajes y objetivos logrados hasta ese momento; en ese nuevo escenario se realizaron diversas gestiones para buscar estrategias de financiamiento y una nueva sede de funcionamiento. 

Entre los años 2014 y 2015, la Fundación participó de reuniones con diferentes organismos estatales como Ministerio de Bienes Nacionales, Instituto Nacional del Deporte y el Consejo de las Culturas y las Artes, finalmente gracias a la alianza con la Universidad de Santiago de Chile se logró postular un plan de gestión al Programa Otras Instituciones Colaboradoras convocatoria 2016. Esa primera postulación asentó las bases de la reactivación del trabajo centrado en: reorganización del equipo de trabajo, reordenamiento y difusión de los materiales resguardados por el Archivo Víctor Jara, reedición de discos y publicaciones, talleres y actividades orientadas a escuelas y organizaciones sociales. Además, se mantuvieron reuniones para la reapertura del Estadio Víctor Jara. 

A partir de 2018 se obtuvo una nueva sede, que sumado al financiamiento mediante el Programa Otras Instituciones Colaboradoras (hoy Programa de Apoyo a Organizaciones  Culturales Colaboradoras) y la constante postulación a fondos concursables chilenos e internacionales ha permitido que la Fundación siga en funcionamiento.